основан на мысе Пур-Наволок, в 30 верстах от впадения Сев. Двины в Белое м. (на территории совр. Архангельска), наряду с корельским во имя свт. Николая Чудотворца мон-рем играл важную роль в распространении христианства в Двинской земле. Об основании А. м. сообщает недатированная благословенная грамота Новгородского архиеп. Иоанна (ИРИ. Т. 3. С. 300) - по всей видимости, того из Новгородских архиереев с этим именем, к-рый занимал кафедру в 1389-1415 гг.; предположение основано на описании в грамоте сословий и гражданского устройства Заволочья, характерного для XIV в. (ц. во имя арх. Михаила старше мон-ря, поскольку в грамоте она упоминается как уже существующая). Н. М. Карамзин (История. Т. 2. Прим. 47) и В. В. Крестинин считали, что А. м. основан в XII в. (при еп. Иоанне, 1110-1129, или свт. Илии (в схиме Иоанне), 1165-1186). Об основании обители в XII в. говорит сохранившаяся копия челобитной игумена А. м. Иеремии от 1695 г. к царям Петру I и Иоанну V Алексеевичам: «А тому, государи, богомолию (А. м.- В. С.) больши 500 лет» (цит. по: Кириллов. Прим. 9). Однако большинство историков (митр. Макарий (Булгаков), А. А. Шахматов, В. В. Зверинский, В. Ф. Андреев и др.) относили основание А. м. к кон. XIV в.
В 1419 г. мон-рь был разорен норвежцами, вскоре возобновлен на прежнем месте. Грамота царя Иоанна IV Васильевича Грозного от 1543 г. игум. Феодосию предписывала местным властям в связи с голодом в Двинской земле содержать игумена и 35 старцев А. м., передавая в мон-рь по 70 четвертей ржи и по 70 четвертей овса из царских житниц; в следующем году царской грамотой А. м. был освобожден от постоя. Однако двинские власти не выдавали мон-рю положенного царской грамотой хлеба, и из-за голода к 1551 г. число братии сократилось до 12 чел. Впосл. число насельников увеличивалось, и в 1587 г. в мон-ре жили 42 старца. В 1550 г. в А. м. существовали шатровый холодный храм во имя арх. Михаила и теплая ц. во имя прор. Илии, в 1587 г. помимо ц. во имя арх. Михаила с приделом мч. Мины в обители была теплая ц. в честь Покрова Пресв. Богородицы. Первоначально А. м., как и большинство сев. обителей, был особножительным, после монастырской реформы в Новгородской епархии архиеп. свт. Макария в 1528 г. все обители, в т. ч. и А. м., приняли общежительный устав.
В 1584 г. по указу царя Иоанна Грозного в связи с угрозой нападения швед. войск в обитель прибыли воеводы П. А. Нащокин и Н. В. Залешанин с войском и в течение года построили вокруг мон-ря деревянную крепость, названную Нов. Холмогоры (с 1613 Архангельский город). Грамотой царя Феодора Иоанновича от 12 февр. 1587 г. при Нов. Холмогорах был открыт порт для иностранных судов вместо пристани, существовавшей у корельского Николаевского мон-ря; в городе началась оживленная торговая деятельность, что пагубно сказалось на жизни мон-ря, находившегося в центре крепости. Настоятели жаловались царю на грабежи, посягательства на монастырское имущество со стороны рабочих и стрельцов, сообщали о случаях, когда приказчики выгоняли монахов из келий и селились в них со своими семьями, на территории мон-ря устраивались питейные заведения. Ходатайство прп. игум. Евфимия (1585-1589) о перенесении мон-ря за городскую черту осталось без ответа.
15 июля 1636 г. постройки А. м. были уничтожены пожаром, после к-рого, как сообщал иером. Матфей в челобитной царю Михаилу Феодоровичу, 49 насельников мон-ря скитались «от хлебной скудости по миру». Грамотой от 6 февр. 1637 г. царь повелел отстроить мон-рь на новом месте, на горе Кузнечихе. Челобитной от 15 марта этого же года игумен мон-ря испросил у Новгородского свт. Аффония благословение на возведение в отведенном месте 2 храмов: Покровской ц. с трапезной и собора во имя арх. Михаила с приделом мч. Мины. Однако начатое строительство встретило сопротивление со стороны крестьян, занимавшихся на этом месте торговлей лесом, вследствие чего в 1641 г. началось возобновление мон-ря на др. месте - на окраине города, в Нячерах (совр. ул. Урицкого). К 1642 г. была сооружена Покровская ц. Благодаря грамоте царя Михаила Феодоровича, «ради монастырского строения» освобождавшей обитель от пошлины на перевозку 7 тыс. пудов соли для продажи, на полученные доходы в 1644 г. был возведен собор арх. Михаила. В 1642 г. царь также пожаловал в обитель продовольствие на 240 р. и 200 четвертей хлеба, А. м. получил в оброк сенные покосы и рыбные тони в Берёзовском устье, на Летнем и Поморском берегах. На месте сгоревшего мон-ря был построен храм в честь Происхождения Креста Господня с приделом арх. Михаила.
В 1683 г. Михаило-Архангельский собор А. м. имел сев. придел во имя святых Бориса и Глеба и юж. придел во имя мч. Мины, к югу от собора незадолго до 1684 г. была срублена теплая Покровская ц. с трапезной и келарской. Между храмами находилась колокольня, внутри ограды располагались 2 игуменские кельи, 8 братских келий, хлебная, поварня, кузница, амбары для соли, амбары для рыбы, погреб квасной. За оградой находились хозяйственные постройки: поварня квасная, мельница, служебная келья, конюшенный и коровий дворы, пашни. Близ мон-ря были расположены пристань для судов и рыболовные тони. В 1685-1689 гг. на месте деревянного собора М. А. Лохоцким был сооружен каменный (освящен 17 сент. 1699 архиеп. Холмогорским Афанасием (Любимовым)). Пожертвования на строительство собирали в Архангельске и Москве, в числе жертвователей были цари Петр и Иоанн. В нач. XVIII в. была перестроена ограда мон-ря, на Святых вратах построили деревянную ц. в честь Грузинской иконы Божией Матери. В 1712 г. на 1-м этаже Михаило-Архангельского собора была устроена Покровская ц. с приделом мч. Мины, в 1744 г. над зап. нижним крыльцом собора вместо ветхой деревянной выстроили каменную шатровую колокольню. В 1753 г. с юж. стороны собора был устроен придел арх. Гавриила. В сент. 1761 г., после поновления, храмы мон-ря были вновь освящены. В 1777 г. в главном алтаре собора над св. престолом построили 4-столпную резную сень. В 1817-1819 гг. обветшавший собор был отремонтирован под рук. губернского архит. Ф. М. Шилина, в 1863 г. в соборе поставлен одноярусный резной иконостас, выполненный в Вятке. Собор с 3 сторон был окружен братским кладбищем, захоронения на к-ром начались в XVIII в., здесь похоронены также воевода кн. Г. Д. Черкасский (1706), архангельский губернатор А. Перфильев (1823), купцы.
К 1683 г. братия А. м. составляла 83 чел., в 1-й пол. XVIII в. число насельников уменьшилось. В кон. XVII в. А. м. владел дворами в Соломбале и в левобережных деревнях, где жили наемные трудники, дворовыми местами и лавками около крепости в Архангельске. Мон-рь имел подворья в Холмогорах, Вел. Устюге, Вологде, Москве. В 1707-1764 гг. и в 1797 г. в мон-ре учреждалась архимандрития. В 1764 г. А. м. был отнесен к 3-му классу и, лишенный владений, пришел в запустение. На протяжении XVIII в. А. м. был местом несения епитимий для духовенства епархии.
С кон. XVIII в. по 1869 г. обителью управляли ректоры Архангельской ДС. В 1817 г. архимандритом А. м. был назначен настоятель корельского Николаевского мон-ря миссионер игум. Вениамин (Смирнов). Под его рук. в 1825 г. в Мезени была открыта миссия для просвещения ненцев, за 5 лет ее существования было крещено более 3 тыс. местных жителей, открыто 3 прихода. Миссионерские труды архим. Вениамина в Мезени продолжил его преемник настоятель А. м. архим. Платон (1829-1839). В 1893-1897 гг. настоятелем мон-ря был Архангельский еп. Никанор (Каменский), в эти годы были собраны средства для реставрации собора арх. Михаила, в 1894 г. позолочены купола и кресты. При водружении поновленного креста на главный купол присутствовал св. прав. Иоанн Кронштадтский.
В 1799-1812 гг. в А. м. располагалась Архангельская ДС, 5 ее деревянных одноэтажных корпусов находились в сев.-вост. углу монастырской ограды, учебными аудиториями служили жилые комнаты семинаристов. В 1893 г. на верхнем этаже братского корпуса была открыта псаломщическо-училищная школа. В 1891-1923 гг. в А. м. в специально построенном здании размещались фонды древлехранилища, созданного по благословению еп. Нафанаила (Соборова) трудами членов епархиальной комиссии по собиранию и охране памятников древностей Архангельской губ. (с 1891 Церковно-археологический комитет Архангельской епархии). К 1917 г. в древлехранилище находилось более 500 рукописей XV-XVIII вв., более 30 тыс. документов, коллекции икон, церковной утвари и др. В 1922 г. рукописи были перевезены в Краевую научную б-ку, в 1927 г.- в Археографическую комиссию Ленинграда, в 1931-1932 гг.- в РО БАН СССР. Др. коллекции древлехранилища были оставлены в пакгаузах Архангельской таможни, часть передана в Краеведческий музей Архангельска. После начала первой мировой войны в А. м. разместился епархиальный лазарет, содержавшийся на пожертвования от мон-рей, храмов и благотворителей. В 1916 г. в мон-ре подвизались архимандрит, 2 иеромонаха, 2 иеродиакона и 2 послушника. До марта 1917 г. настоятелем мон-ря был сщмч. архим. Павел (Павловский).
Главной святыней А. м. был хранившийся в соборе золотой крест с частицей Животворящего Креста Господня и частицами палестинских святынь, крест был пожертвован в нояб. 1894 г. Иерусалимским Патриархом Герасимом II еп. Никанору «в утешение скорби о пожаре». В А. м. почитался список с келейной Владимирской иконы Божией Матери, принадлежавшей Воронежскому архиеп. Игнатию (Семёнову), уроженцу Пинежского у., архиерей неоднократно получал исцеление после молитвы перед иконой. Др. святыней мон-ря была икона Божией Матери «Скоропослушница», значившаяся в описи монастырского имущества 1924 г. «чудотворной».
В нач. 1920 г. А. м. был закрыт, судьба последнего настоятеля игум. Десидерия и насельников неизвестна. 20 июня 1920 г. Административным отделом Архангельского губисполкома Михаило-Архангельский собор мон-ря был передан «общине Перво-Михайло-Архангельского церковного прихода», настоятелем к-рой стал прот. Василий Аристов; в 1922 г. настоятелем был свящ. Димитрий Федосихин, духовный сын св. Иоанна Кронштадтского. В результате кампании по изъятию церковных ценностей из Михаило-Архангельского собора было изъято более 2 пудов серебра и др. ценности. 20 июля 1924 г. договор губисполкома с приходом собора был расторгнут, община ликвидирована, в 1924 г. в соборе служили обновленцы (см. Обновленчество), в 1925 г. он был закрыт и передан областному Ин-ту социального перевоспитания. Постройки обители использовались для хозяйственных целей, монастырские колокола были отданы на переплавку. В февр. 1930 г. зав. Главнаукой Сев. краевого отдела народного образования указывал на то, что «здание собора бывшего Архангельского монастыря является наиболее древним сооружением города и заслуживает охраны. Не следует ставить вопрос о его ремонте в направлении реставрации, а вполне допустимо применение здания для практических целей» (ГААО. Ф. 1222. Оп. 1. Д. 23. Л. 93), однако в 1930 г. собор, колокольня и часть ограды с башнями были разобраны. Позднее исчезли и др. монастырские здания, ныне территория А. м. застроена жилыми домами.